的琼楼玉宇却没有多少损坏，为了不给邓禹等人留下任何财物，临出城之前，樊崇下令纵火焚烧长安城，将长安城里的皇宫殿宇全部焚毁。可怜昔日繁华富庶的长安城，如今皆化作一片火海，成就满目的败墙和瓦砾。
其实，早在数月之前，刘秀就获取了洛阳。相比于邓禹而言，刘秀在很多方面都是邓禹不能企及的，特别是刘秀在登基称帝之后，其全局性的战略眼光就逐渐显露出来。定都洛阳，亦成为他精明过人的体现，他从王莽和更始帝的下场中得到教训，认为在内战时期应避开长安。此外，定都洛阳，更有他的政治军事上的全局考量，洛阳可以更方便地从大平原的关键经济区得到供应。在以后几年，刘秀稳步而有信心地把他的领地向四面八方扩大。
当面对天下另一个数一数二的重镇，前朝都城长安之时，刘秀却没有丝毫办法，他不可能兵分两头。那边有他最为亲信的邓禹在负责，只可惜邓禹在攻打长安赤眉之时，犯了糊涂，坐失良机。
终于，邓禹所谓的机会来了，可等他到达长安，才发现其实自己一无所得，就连前朝皇帝皇后的陵寝，都遭到赤眉军的无情挖掘。他甚至听闻，赤眉军将吕太后的尸体挖出，众人见其依旧光彩照人，遂兽性大发，对其非礼。邓禹当即大怒，后悔不已，而军中士气也跌落到出战以来的最低谷，为了鼓舞日益低落的士气，邓禹将汉军驻扎在汉武帝时为了演练水军而修建的昆明池边，同时设宴慰劳全军将士。不久，邓禹又选择良辰吉日，按照礼仪到汉高祖的寝庙前祭奠，对赤眉军挖掘过的诸陵进行了清理，将死人尸骨重新入殓安葬。并且将散乱在各处的西汉诸位皇帝的神主牌位收集起来，派人护送到洛阳。此外，邓禹还设置了守陵官数名，派兵防守，防止再次遭到盗窃和挖掘。最后，他还将更始帝刘玄的尸体改葬于霸陵。
邓禹完成了收复长安的重任，但却没有达到刘秀的预期效果。
其实，在赤眉军逃离长安之后，天下已经初定，但是刘秀依然不能就此放松，他需要面对的，还有边陲之地的诸多分裂势力。自更始政权败亡之后，函谷关以西，邓禹的西征军、樊崇的赤眉军、隗嚣的陇西军、刘玄的更始军残部、公孙述的巴蜀军、窦融的河西军，便以长安三辅为中心，展开了一轮又一轮的血战。特别是公孙述、隗嚣、窦融三人，要么控制着河西之地，要么坐拥川蜀富庶之地，当年高祖斩白蛇起义，就是从川蜀发迹，一步步鲸吞天下。因此在地理位置上看，公孙述、隗嚣、窦融三人都具备问鼎天下的实力。
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