在曲江池畔的别业，定期举办雅集，邀请僧一行、刘仁轨、婉儿等“新学”核心人物，以及一些对“新学”感兴趣或在摇摆中的朝臣、名士、富商。在这里，没有朝堂上剑拔弩张的辩论，只有看似风雅的诗酒唱和、书画品鉴。但在轻松的氛围中，“新学”的理念被以更巧妙的方式谈论、渗透。太平公主也暗中资助一些民间书院、私塾，鼓励他们讲授一些基础的算学、地理知识，甚至偷偷刊印、传播一些经过删减、不那么敏感的“新学”读物。她还利用自己的商业网络，将一些体现“新学”思想的书籍、器物（如改良农具模型、简化海图、世界风物图志等）带到江南、岭南甚至海外，使其在更广阔的范围内悄悄流传。
除了这些核心人物，李瑾思想的影响还通过更多元的渠道扩散。当年格物院培养的许多生徒，如今已散布在各行各业，有的在将作监、军器监等实务部门任职，将“格物”精神应用于工程匠作；有的进入国子监算学、天文、医学等专科任教，培养下一代专业人才；有的则经商、务农，将更科学的方法带入生产。市舶司的官员和与海外贸易相关的商人，是“开源通海”、“世界眼光”最直接的受益者和传播者。他们亲眼见识过海外世界的广阔与奇异，对李瑾打破“天朝上国”迷思、主张积极交往的观念有切身体会，在各自的圈子中不遗余力地宣扬。甚至在军队中，一些受过新式操练、使用过改良军械的将领，也对李瑾重视技术、讲求实效的作风抱有好感。
然而，学说的传播并非没有阻力。最大的争议焦点，恰恰在于李瑾晚年最为重视、也最具颠覆性的《教育本源说》中关于“开启民智”的思想。这直接触动了士大夫阶层“民可使由之，不可使知之”的千年信条，以及他们赖以存在的知识垄断特权。永昌五十三年春，国子监祭酒、大儒孔颖达（为虚构人物，借唐代同名经学家之名）联合数十位官员、名儒，上书皇帝，痛陈“新学”之弊，尤其抨击“启民智”之说乃“惑乱人心，动摇国本”，是“以夷狄之术坏华夏之教”，请求朝廷明令禁止“新学”传播，科举取士务必以儒家经典为本，不得杂以异端邪说。
这场风波来势汹汹，一时间，朝野议论纷纷，“新学”面临自李瑾去世后最严峻的考验。皇帝李琮对此事颇为头痛。他本人对“新学”感情复杂，一方面，他自幼受李瑾影响，对其许多务实政策（如改善财政、巩固边防）的效果是认可的，对格物院、市舶司带来的实际利益也心知肚明；另一方面，作为帝王，他更看重社会稳定和意识形态的统一，对“启民智”可能带来的
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