质疑的风暴并未因刘智的平静而止息，反而在有心人的推波助澜下愈演愈烈。一些国内崇尚“全盘西化”的激进报刊，开始连篇累牍地刊登文章，将中医斥为“阻碍中国迈向现代的封建糟粕”、“不科学的玄学巫术”，甚至将景安抗疫的成功，牵强地归结为“疫情自然衰减”、“隔离措施生效”或“统计谬误”，而对刘智及其治疗方案，则极尽嘲讽之能事，称其为“江湖郎中式的侥幸”、“利用民众愚昧的欺世盗名之徒”。
回春堂的门庭，也因此变得微妙起来。依旧有无数信赖刘智、感恩其活命之恩的普通百姓前来求诊，但也不时夹杂着一些好奇打量、甚至不怀好意的目光，以及个别自称“记者”或“学者”的人，带着挑剔和审问的姿态，试图从刘智口中套出“破绽”或“迷信的证据”。李柏气得几次想把人轰出去，都被刘智用眼神制止了。
刘智依旧每日坐堂看病，教授徒弟，仿佛外界的纷扰与他无关。只是，夜深人静时，回春堂后院那间小小的书房里，灯常常亮到很晚。桌上，堆满了从景安带回的原始病案记录、罗伯逊和卡特后来寄来的、翻译成中文的详细监测数据（包括体温、脉搏、呼吸、部分简单的血尿常规结果等）、各种版本的《时疫诊疗手册》，以及大量中外医书，既有《伤寒论》、《温病条辨》、《医宗金鉴》，也有罗伯逊赠送的、翻译粗糙的《解剖学概要》、《细菌学初阶》等。
他在撰写一篇“论文”。不是用文言文，也不是用中医传统的医案格式，而是尝试采用西洋医学界通行的论文体例：摘要、引言、材料与方法、结果、讨论、结论、参考文献。他要以他们能理解、能审阅的方式，讲述景安发生的故事，展示中医治疗瘟疫的逻辑与结果。
这对他而言，是一次全新的挑战，无异于用另一种语言重新构建自己的医学世界。他必须暂时搁置“阴阳五行”、“气血津液”、“升降浮沉”等核心概念，转而用“症状描述”、“体征变化”、“治疗方案”、“疗效对比”、“数据分析”等术语，将中医辨证论治的过程，拆解、翻译成可被量化、对比的“证据链”。
他仔细梳理了景安疫区收治的所有637名确诊患者的病案。根据症状、体征、舌脉，将其明确分为“热毒炽盛型”、“热毒瘀结型”、“热陷营血/阴秽蒙窍型（危重）”及“余邪未尽/气阴两伤型（恢复期）”，并对应列出主要症状（高热、斑疹、出血、神昏、抽搐等）、体征（体温、脉搏具体数值范围、舌象照片临摹、斑疹形态描述）、舌脉特征。然后，详细
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