本有。谓无始来，异熟识中，法尔而有生蕴处界，功能差别，名“本性住种”。
本性住种就是说，无始劫来，在我们第八识当中，法尔就是不需要任何因缘，这个法尔翻成中文就是本来如此，就是不必有任何因缘，我们一念的明了心当中，就有这种十法界的五蕴十二处十八界色心诸法的种子，我们有三恶道的种子，也有成佛的种子，这个叫做本性住种。
第二个：
二、新熏。谓无始来，数数现行，熏习而有，名“习所成种”。
新熏就是由您现生的身口意的不断地造作，熏习阿赖耶识而变成的，叫做习所成种。
在整个唯识的教派当中，《瑜伽师地论》它比较偏重在本性住种，《瑜伽师地论》说有情众生，这个补特伽罗有五种种性：第一种是无性种性。这种种性的人，他只有人天的善根，您跟他讲出世的佛法，要他生起出离心、菩提心，是不可能的，他是不可能成佛的，这个叫做无性种性，他只有人天的善根。第二个叫声闻种性。这种人他肯定要成就阿罗汉果的，他是声闻种性。第三个是缘觉种性。他要成就辟支佛果。
第四个是菩萨种性。菩萨种性的就是说，他对于大乘佛法能够生起如实的信解，能够发起广大的菩提心，信解大乘佛法，发深固菩提心，名之为菩萨种性。第五个是不定种性。就是他也可能是声闻，也可能是缘觉，也可能是菩萨，他的种性不决定，看他遇到什么因缘来决定。
《瑜伽师地论》认为只有两种人可以成佛，就是菩萨种性跟不定种性可以成佛，前面的三种是不能成佛。所以菩萨种性在这个补特伽罗的根性方面是偏重在本性住种来做判定。《摄大乘论》对于种性的判定是偏重在习所成种，就是后天的努力这一部份。
在《成唯识论》当中的十大论师，我们也把它分成三类，对于种性的差别，有三种的说法：
一、净月（论）师等——唯立本有。
二、难陀（论）师等——唯立新熏。
三、护法正义——本新合论。
“净月论师”主要是根据《瑜伽师地论》，认为这一切的种子都本有的。当然这样有过失，因为种性只有本有，那忽略了后天的努力，换句话说，这个人不管他后天怎么样地熏习 大乘佛法，他都不能成佛，而且这样子，也忽略了阿赖耶识它本身有受熏的事实。《唯识学》明明讲阿赖耶识受熏嘛，受熏持种，受熏当然是今生的努力，对阿赖识会有变化的嘛！所以这样子讲是有过失的，唯立本有在教义上是
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