接下来的日子，《鸭腿企鹅》的拍摄磕磕绊绊地进行着。
在拍摄和表演中，商叶初也一直在探索自己的导演风格。可惜人力终有限制，商叶初边导边演，并没能摸出头绪。
商叶初也曾问过林姽婳，导演的风格到底是什么。林姽婳也说不出个所以然。用她的话来说，她要养活一大家子人，拍完这部就得马不停蹄拍下一部，哪有时间琢磨这些小清新的东西？非要有风格的话，也许她的风格就是特别赚钱吧。
为了突出片中学生们的动物性，商叶初亲自去网上搜寻了许多动物的视频，如猫、鬣狗、马等，逐帧观看研究后，汇总出这些动物的习性动作，制成表格，配上视频和图片，一一发给对应的角色演员。
除了角色表演之外，环境和场景也很重要。商叶初亲自监督，指挥着置景组好好将校区布置了一番。
黑板槽里的粉笔灰，课桌上的划痕，桌板下的口香糖，厕所墙壁上写着的污言秽语和招嫖广告——这是早期校园里经常有的东西。
此外，还有些不常见的东西：未经修剪，被马儿和羊啃得露出地皮的草坪；老鼠洞旁边的血；供猪和蟾蜍打滚栖息的泥塘等。商叶初每天下了戏，几乎要在片场窜行几十上百次，像头巡视领地的狮子一样，巡逻着自己的小片场。
在商叶初的布置下，《鸭腿企鹅》的校园置景越发迷离诡谲，渐渐和普通校园场景拉开了差距。
那天因为《无尽之旅》吵了一架后，盛闻之和商叶初冷战了足足一夜零半天。直到第二天开拍时才重归于好。和解后，导演和编剧又商议出了许多别致的巧思。
比如，在剧本中，马儿是一个原本乐观开朗、但渐渐被系统异化、被其他动物奴役的角色。商叶初便给马儿设计了一片心爱的草坪，让他心情不好的时候去“啃食”。
这片草坪很奇特，不是绿色，而是红色的。柔软的红叶茅草厚厚铺满了一块地，像一块暗红色的地毯。马儿喜欢这片红草地，喜欢一个人来这里溜达。
随着马儿被异化、奴役的程度加深，这片草坪也渐渐由茂盛转为稀疏。
马儿的最后一个镜头是他因为拉架从阳台上跌落。马儿落地时，刚好落在这片草坪上。那时，这片草坪已经变得光秃秃了，一根草也不剩。
马儿在枯地上痉挛了几下，发出一声骏马的长嘶。它的血流了出来，将一整片光秃秃的土地染红了，就像一块暗红色的地毯。
诸如此类的设计，在剧本中数不胜数。商叶
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