朝会结束后，光绪帝回到书房，这时一个太监向他通报说：“陛下，李中堂（李鸿章）在外面侯旨见驾。光绪帝回答：“请他进来。”李鸿章在太监地搀扶下走进房间，行礼之后，光绪帝说道：“给李爱卿看座。”坐下之后，李鸿章说道：“陛下，老臣有几句话，可能触怒龙颜，不知当讲不当讲？”光绪帝回答：“朕恕你无罪，有话但说无妨。”李鸿章说道：“依老臣之见，与日本合作之事，还需三思而后行。因为日本人早在明朝万历二十年（1592年）就以朝鲜拒绝与其合作为由，发兵进攻朝鲜，六年之后在明朝军队和朝鲜军队的联手抗击之下宣告失败。同治十三年（1874年）日本陆军中将西乡从道率领三千士兵，以护侨为名，侵扰台湾，当时同治皇帝委任老臣为钦差大臣，负责与日方谈判，最后此事以大清赔款日本五十万两白银而宣告结束。光绪二十年（1894年），日军以护侨为名出兵朝鲜，进而入侵我国，如果不是唐峰率军增兵旅顺，我军很难取胜。综上所述，日军多次进攻我国，意在占据土地，夺取资源，通过条约获得特权。所以这次他们主动出兵帮助我国平定叛乱，实为黄鼠狼给鸡拜年--没安好心。老臣所说皆肺腑之言，望陛下三思。”光绪帝回答：“爱卿放心，朕会慎重考虑的，你先回去吧。”李鸿章回答：“老臣告退。”李鸿章走后，光绪帝站起来在书房里踱步，一边走，一边思考李鸿章的话。”过了一会儿，他派人把负责对日谈判的恭亲王奕䜣叫到书房，对他说：“皇叔，李中堂刚刚分析说，日本人此举是黄鼠狼给鸡拜年—没安好心。所以你在谈判的时候，必须提出以下两个条件：1.日本援华派遣军总兵力不得超过三万人。2.在我们要求他们撤出的时候，日本援华派遣军必须无条件撤出我国。”恭亲王回答：“陛下放心，臣一定照办。”随后就离开了书房。
第二天恭亲王奕䜣以钦差大臣的身份约见日方谈判代表，正式开始谈判。
经过三轮谈判，双方达成协议：1.大清帝国允许日本援华派遣军入境。
2.日军总兵力不得超过三万人。3.日军的一切军需由日本国负责。
4.两军在合作过程中保持相对独立的的状态，战斗中情报共享，互相支援5.在大清帝国要求日军撤出时，日军必须无条件撤出。
.协议达成后，光绪帝在协议上加盖玉玺，批准了这份协议。就在同一天，日本明治天皇也在东京召开御前会议，批准了这份协议，两国正式开始合作。
几天后，日本援华派遣军司令长
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