九品不等，以及相关吏员，各部直辖的归各部直管，下列不是。
五军都督府：掌军事决策、统兵军备、武官任免、战略规划等。设左右大都督各一人（从一品），左右都督各一人（正二品）。
兵部和五军都督府都听命于皇帝，兵部有调兵权而无统兵权，而五军都督府有统兵权而无调兵权，两者相互节制、互不统属。地方郡县军尉受兵部和五军都督府联合管辖，不受地方长官直管。
御史台：掌中央及地方百官监察。设左右御史大夫各一人（正二品）、御史中丞两人（正三品）。
分设台院（中央监察）、殿院（宫廷监察）、察院（地方监察）。推行‘御史回避制’（不得监察原籍地）、‘巡查制’（地方巡按御史每两年轮换一个地区，并且不再回去任职）等，地方御史不受地方长官管理，由御史台直管，并受通政司监督。
大理司：掌刑狱案件审理。设大理司卿一人（正三品）、少卿两人（正四品）。
审刑院：死刑案件终审，直接向皇帝汇报。设审刑院使一人（正四品）、院丞一人（从四品）、判官四人（正五品）。
重大案件实行刑部、大理司、御史台三方会审，死刑及以上必须通过审刑院，皇帝亲笔勾红。
司天台：掌天时星历、观察天象、颁布历法。设监天大夫一人（正三品），监天中丞一人（正四品），春夏中秋冬五官正（青阳、朱明、日北、金天、玄英）各一人（正五品）。
通政司：掌内外章奏和臣民密封申诉之件。
司农司：农业管理、良牧蕃育、粮仓储备。
都水司：水利工程、河道管理。
军器司：武器研发、生产、储备军器军备。
鸿胪司：外交礼仪、藩属国事务。
太常司：掌宗庙礼仪。
光禄司：掌祭祀、朝会、宴乡酒醴膳羞。
太仆司：皇室出行扈从车马诸务。
苑马司：掌全国之马政。
天箓司：掌全国宗教信仰事务。
凡是司级，皆设卿一人（正三品）、少卿两人（正四品）。
每司下辖各署各处各科，品级正五品至九品不等，以及诸多吏员，部分司管辖地方各郡县相关官员，受当地长官和中央双重直管。
司天台特殊，只在中央部署，且规模较小。
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