慈禧太后开始了大清洗，胡瑞澜、杨昌濬以下三十多名官员被革职查办，而且他们大多是湘军集团官员。
至此，杨乃武和毕秀姑最终被平反了，《申报》为民请愿的目的也达到了，民心也被安抚了，慈禧太后利用杨乃武和毕秀姑案进行整治斗争的目的也达到了，而唯一遭到重大损失的，反而是湘军集团。
不久之后，慈禧太后就任命了新的官方到浙江去接替那些被革职查办的官员，朝廷对浙江的控制因此得到了一定程度地加强。
不过刑部主持的复审，虽然结果是葛品连不是被毒死的，但是蹊跷之处也颇多，因为从1873年葛品连死到1977年刑部主持复审，已经过去四五年了，葛品连的尸骨早就只剩下骨架子了，按照那时候的医疗水平，其实很难确定他是不是中毒死的。
但是，杨乃武和毕秀姑案的结果只能有一个，那就是他们是无辜的，要证明她们是无辜的，葛品连就必须不是因为中毒死的！而杨乃武和毕秀姑之所以必须是无辜的，这既是杨乃武运作的结果，也是民意的需要，更是慈禧太后政治斗争的需要！
那么，杨乃武和毕秀姑嘴最后如何呢？
很可惜，杨乃武虽然沉冤昭雪了，但是他因为受了酷刑，又吃了四五年苦，所以出来之后就落下了残疾，而且他的功名因为被革去了，也无法恢复；又因为杨乃武为了自救而散尽了家财，所以他后来只能在家里以养蚕为生，1914年因为患疮疽而不治身亡。
毕秀姑虽然被证实没有谋杀亲夫，但是她作为一个女人，在那个年代，也没有在社会上立足的资本了，所以她就在余杭出嫁做了尼姑，1930年去世。
至于说，杨乃武与毕秀姑之间究竟有没有暗生情愫，我们已经无从得知了。坊间传闻说毕秀姑出狱后就没见过杨乃武，但杨乃武一生再未婚婚配，而且在杨乃武死后，毕秀姑还曾去拜祭过他的墓地，可见此二人之间或许还真有点故事，但没有发展到做出苟且之事的地步。
顺治帝重病时，孝庄太后为太子人选曾经征求汤若望的意见。这个天主教徒在顺治帝的心目中举足轻重，顺治帝称呼他为“玛法”，满语是祖父的意思，也是对老人的尊称。汤若望一槌定音，促成了一个了不起的决断。
只是皇太后也罢、汤若望也罢，此时绝没有料到，他们决断要继位的小皇子，将成为中国历史上最伟大的君主之一，在长达半个多世纪的岁月里，他使中国成为东方最强大的帝国，给灾难深重的黎民百姓开辟了百年的和平与安定
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