皇帝刘肇是断断不敢在太岁头上动土的。大鸿胪将窦宪等人一路引到皇帝刘肇的宫门之前，刚一跪下，四周便冲出数百甲士。此番入宫，窦宪并没有率领自己的亲卫前来，只带了手下一干将领一起来朝见皇帝。一见此种阵仗，心中没有半分准备，纷纷束手就擒。
经过查实，窦宪谋反之罪证据确凿，不容置疑。其手下朋党邓叠、邓磊、郭举、郭璜等人均被逮捕，不久便被诛杀。同时幽禁了窦宪，命人解除其大将军印绶。为稳定窦宪所部军心，一时之间，皇帝还不能就此斩杀了窦宪。商议之下，决定封窦宪为冠军侯，与窦笃、窦景、窦瑰都去到封地。不久，窦宪等人被迫自杀身亡。窦太后闻讯，知道大势已去，遂命人紧闭宫闱大门，不与窦氏族人相联系，以免受了牵连。
知道此时，窦太后尚自以为，刘肇不知道自己的身世。其实刘肇自四岁离开自己亲生母亲，就在心里留下了一颗种子。他和刘庆一起玩耍之时，也时常会流露出自己思念母亲的情绪，等到自己的母亲被害死，他为求自保，只能暗自落泪。在表面上，依然表现着对窦氏的尊敬。当然，随着年岁日久，那颗种子在窦太后的努力下，最终没有生出仇恨，但是这并不代表自己可以一辈子做个傀儡，任人鱼肉。
刘肇一向最为敬佩自己的父亲刘炟，力图做一个孝顺之人。因此，对于窦太后特别时期的养育之恩，他还是比较感激的。因此，他并没有在自己继位之后，废黜了窦太后。反而依然尊她为太后，除了不再临朝听政之外，其余待遇和往日一样，没有丝毫更改。此外，刘肇也知道，多年下来，窦太后在宫里宫外的势力很强大，如果贸然向太后动作，势必会引起天下动荡。如今初逢大变，国家急切地需要稳定。
即便如此，窦太后再也不能和往日一般肆无忌惮了，自己的娘家人犯下谋逆大罪，自己即使没有参与，也有管教不严之责。因此，此后的窦太后便深居后宫，唯恐皇帝刘肇会在某一天“知道自己的身世”，诛除了自己。从这一点可以看出，窦太后太低估刘肇了。刘肇不是不知道，而是知道了却有更好的谋划。
此番刘肇之所以能够成功地剿灭窦氏乱党，一是因为窦氏一门的所作所为早就已经引起了天下人的共愤，群臣百官有很多人支持皇帝亲政；二是因为谋划严密，特别是选才任人上，皇帝刘肇首先想到了宫中的大臣，其次又能够和极度怨恨窦氏的刘庆联合，再与一直忠于汉室的郑众商议，得以成就大事；第三，则因为整个围捕过程干净利落，没有一点拖泥带水，全面出击之下，兵不血刃便
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