使得大明军队中的军头（军阀）有了部分迹象。
这种情况尤其是辽东那边最为严重，在崇祯皇帝时期，袁崇焕担任蓟辽督师时就有拥兵自重的迹象了，整个辽军包括关宁铁骑名义上是大明的军队，可实际上却掌控在辽东将门的手里，而且这个情况近年越发严重，如果再不解决，恐怕尾大不掉。
辽东战场打依旧还是要打，但绝对不能因为对外战争的缘故培养出一批拥兵自重的军头来。至于其他地方也是一样，无论九边各镇或者之前围剿流寇的明军，在流寇问题解决之后，这些也要顾及。
枪把子、印把子、钱袋子，这三个东西是掌控权力的重要因素，缺一不可。朱慎锥必须要在确保对外战争的同时解决目前军队的问题，消除军队的这些隐患，这样一来他必须要对大明的军队进行调整，尤其是辽军和之前围剿地方的大明野战部队。
九边各部还好点，可以通过直接调换将领进行改变，但前者却有些难度。虽然朱慎锥手里有新军在，如果用武力解决固然是一个办法，但动用武力却不妥当，毕竟许多将领虽拥兵自重，可却没背叛朝廷的迹象，而且这些将领都对大明有功，无论是对外战争或者对内战争中立下了功勋，如果朱慎锥不管三七二十一直接撤换他们的兵权，或者找理由问罪的话，反而会适得其反。
就算要用也是需要一步步来，这个急不得，而且不能伤了军队和将领的心。想来想去，朱慎锥打算用几种手段，一是把部分将领明升实降的方法进行调任，架空他们的军权。另一个办法是利用新军为基础逐步改变大明的各支军队，通过整编的法子掺沙子，分其军权。
此外就是用爵位高官引诱，再加上他已经准备用五军都督府的架子来设置总参谋部，把一些老将请来京师在五军都督府中任职，打造大明的总参谋部，从而让其脱离部队顺势接管。
无论用哪种办法都急不得，还得防止有些将领会因为各种原因产生的抵触情绪，要做到这点是很不容易的。而且这件事朱慎锥不适合直接出面，让王晋武或者其他勋贵去做也不是最好的办法，毕竟他们和这些军头根本就是两路人，让他们做这些事弄不好更会让对方反感。
而孙承宗就不一样了，别忘了孙承宗可是第一任蓟辽督师，他在辽东呆的时间足够，而且辽军包括关宁铁骑上下的那些将领全是孙承宗一手提拔起来的，虽然这些人后来被视为袁崇焕的人，可实际上孙承宗才是他们真正的老领导。
至于围剿流寇的那些部队将领大多也是一样，别忘了当
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