朝时期的北庭、安西都护府的旧制。
南部战区以广州为中心，包含云南、贵州、两广、湖南、吕宋宣慰司、旧港宣慰司，另外增设海南布政司和南越宣慰司。由于南居益、洪承畴已经开始在新港和马六甲修建菱堡，控制了这片重要的战略海域，朝廷正式将马六甲海峡纳入疆土，并派派王景弘的八辈孙王延祚为马六甲巡抚，施二姐的后人施大宣任马六甲总兵。
南部战区的主要任务是遏制马六甲海峡，打击过往的走私船只，加强朝廷对海外贸易的控制力度和主导地位。与暹罗、老挝、高棉维持稳定的藩属关系，收集南越黎朝和占城、缅甸的情况，为下一步全面南下扫清障碍。
东部战区以南京为中心，统辖江苏、浙江、福建、江西、安徽，增设台湾宣慰司和琉球宣慰司，隶属福建省，另外还包括东瀛宣慰司和济州宣慰司。其主要任务是封锁日本列国与外界的联系，不断运送当地倭人迁往雅库斯克和叶尼塞河流域，持续削弱日本的国力。
中部战区以北京为中心，统辖北直隶、山东、河南、山西，负责京师的防护安全。辖区内的军队由皇帝直接指挥，防止其他战区的总督拥兵自重。
五大战区打破了原先各个卫所、土司各自为王的局面，因牵扯的利益甚广，再次引发了勋贵的不满。卫所以及下属的班军、民壮、乡兵虽然战斗力不高，但是人数庞大，强制专业势必会影响地方的治安，甚至会从中再出现一个类似驿卒李自成那样的狠人。
面对艰难险阻，朱由校选择迎风翱翔。他先是取消了明朝的军户制度，改为义务兵役制，然后挑选那些有战功的将士和军校毕业生到军中任职，不仅要训练传统的军事本领，还第一次引入政审，加强军队的思想教育。
如遇战事，各战区总督需提前向军机处汇报，经皇帝批准后下发作战命令，交由兵部负责传达，具体战役由战区自行指挥。这样既解决了总督拥兵自重的情况，又提高了作战的灵活性。
这次改革也是权力的一次重新洗牌，文官治军的传统被打破，从军校涌出的职业军人和经历过沙场洗礼的将士们成为军队的骨干。在明军的装备和战术无限接近近代化的同时，朱由校也期待着军人的作风和思想也能够与时俱进，将战斗力提升到一个新的高度。
为了保证改组战区平稳过渡，从天启七年末开始明朝全面停止了对外用兵，甚至对南越黎氏的入侵采取了默认的态度，这让朝野上下倍感诧异。要知道朱由校从登基开始就一直骑在马背上，尚武崇豪已经成为汉
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