随着长崎的告破，鹿儿岛和福冈那些败退下来的倭寇只能纷纷往九州以东的阿苏山靠拢，意图从大本港口逃回本州岛。此时明朝在九州岛布置了三路大军，故意在东面留出一道缺口，在兵法是叫围师必阙，目的是防止倭寇狗急跳墙后跟远征军死磕到底。
当然他们在海上并不安全，因为南居益、郑芝龙的水师已经封锁了濑户内海，不但本州岛的倭寇无法进出，就连四国岛、九州岛也被孤立起来。毕竟这两地属于日本的贫困地区，其中又属九州萨摩（不是萨摩耶）地区的民风最为彪悍，二战时在中国犯下滔天罪行的战犯多数就出自这里。
这场陆海协同的战役终以明军大获全胜而停止，朱由校顺利的实现了第一阶段的目标。此时已进入盛夏，根据季风的规律很快便进入台风多发的时节，所以他命令大军全线转入防御状态，同时任命朝鲜和吕宋的移民为当地官吏，着手清理岛上那些负隅顽抗的倭寇和间谍。
德川忠长本以为明朝会乘胜追击，这样他就可以顺利的占领江户，成为幕府的第三代将军。可是明军突然全面收缩防线，这让他措手不及。此时他已在江户外围摆开了进攻的阵势，失去明军的牵制后两翼便暴露出来，德川家光敏锐的觅得这一战机，命令幕府军全线压上。
由于双方都是破釜沉舟，谁也没想过要后退，所以这场交战非常惨烈。幕府军利用人数的优势不断压缩德川忠长的阵地，将他们赶到海边后立即修筑城墙，挖掘战壕，想把德川忠长困死在沙滩上。此时德川忠长才如梦初醒，他从一开始就被明朝皇帝玩弄于鼓掌之间，明朝要的不仅仅长崎，而是整个日本。
对于德川忠长的全军覆灭，南居益和郑芝龙在海上看的非常清楚，有几次他们起了恻隐之心，想把德川忠长接到长崎，可是朱由校的命令是不得同情任何倭人，否则按通敌叛国的罪名满门抄斩。在这种高压政策下，明军将士没有人敢违抗军令，也因此避免了很多非战斗减员。
十月过后，季风退去，四国境内的织田信衡早已迫不及待的登上明朝的舰船，朝着神户进发。这半年多的时间里，他已将四国岛折腾了个底朝天，凡是德川幕府的官吏、家臣或是支持者都被他就地处决，致使原本就人烟稀少的岛内如今更是荒无人烟。
此番出征他可谓倾巢出动，在明朝水师的帮助下源源不断的进入江户外围。在他看来这是天赐良机，德川家族的内耗已经让原本就疲于应付的幕府雪上加霜，只要自己全力攻打江户，整个日本唾手可得。不得不说织田信衡的判断
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