见此情形，立刻退兵二十里结寨自守。
马四娃在崇信等了三天也不见对方过来，便率义军趁着夜色撤离崇信。谁想走到华亭附近时，李侍尧带着人马竟又跟了上来。马四娃索性不再理会，直接撤回石峰堡。
八月二十七日，福康安与西路清军以优势兵力分两路进攻蟠龙山，一战剿杀三百余人。
随着隆德、静宁、底店山、蟠龙山的失败，石峰堡义军陷入孤立无援的境地，原本的大好形势立刻急转直下。而远在宝鸡城下的义军李可魁部也早已放弃攻打宝鸡，率军回援。李侍尧所部刻意避其锋芒，让开道路，放李可魁所部进入石峰堡。
此时清军的五路大军好比张开的五指，已经悬在了新教义军的头顶。
九月一日，福康安接到李侍尧传来的消息，得知最后一支义军人马已经进入他布下的口袋，于是“五指”开始并拢攥拳。各路清军随即直逼通渭，于九月十三日到达鹿鹿山；又经双砚小道于十五日抵达石峰堡下。
石峰堡位于通往伏羌、通渭、会宁、安定、秦州、巩昌的总路要隘，处在群山之中。城堡高踞峰顶，四面多悬崖峭壁，十分的险峻。
此地原为旧有堡子，多年无人居住。乾隆四十六年三月，回民马正芳、马壮来到堡内进行修理，筑墙挖窑。苏四十三失败后，清廷搜查新教教众；而新教早把石峰堡作为秘密据点，经数次修茸整固，在峰顶筑有高墙，堡外挖有深壕三道，周围各处筑有窑洞上百座。
新教在堡内储备了大量粮食器械，堡外有崎岖山径可通，沟坎交错重叠。义军在堡南及东西两面扎立营盘，营帐密布，准备严防死守。
九月十八日，福康安麾下五路大军全部就位，他马上命令展开强攻。新教义军居高临下，数次将清军击退。
九月二十一日，阿桂从西安抵达军营。福康安命令各路清军设法断绝华水川水道，并用大炮轰击堡内营寨两日，然后再度合力进攻。
二十三日，清军发动了大规模攻势。新教义军面对强敌奋勇厮杀，齐心死拒，使清军无法攻上山崖。最后清军仅占据了山下一隅之地，可惜无济于事，伤亡甚多。不过义军在此战中也是死伤惨重，首领李可魁阵亡。
此时清军数万大军云集石峰堡下，层层封锁，新教义军已经插翅难逃；而堡中能战者已经不过六千余人，堡内义军家眷高达上万。随着水源日渐枯竭，义军即使有粮也难以下咽；只有等着老天下雨才能稍稍积攒一些，但也根本不够用。
这期间，
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