尚书加上兼任军机大臣，他在六部九卿中的待遇和话语权都得到了极大的提升，说是第一人也不夸张。
对于这种安排，崇祯还是有些小心思的，七名军机大臣，英国公和秦良玉是那都是忠于皇室的，而洪承畴、孙传庭、卢象升都是自己提拔起来的，忠于自己。
这就保证了自己能绝对的掌控军权，只要军权在手其他的都是次要的。
“至于五司的武将则由兵部和内阁分析了此次东征和征南的诸多将领之后推举。”
“臣遵旨！”
侯恂立刻回应，而后思索了几息后沉声道：“陛下，陆军这边都安排好了，那水师这边的几名总兵呢？
尤其是南海水师总兵郑芝龙，在东征过程中覆灭了荷兰和西班牙的水师，又联合登莱和南京水师覆灭了扶桑的铁甲舰队，在征南大战中，一举覆灭了九大势力的水师联军。
战功赫赫，论其战功，仅仅在大将军洪承畴之下。
众人点了点头，甭管是不是因为蒸汽机商船的极速还是飞雷炮、掌心雷等火器的厉害，反正诸国水师是在他手上覆灭的，且伤亡极小，这就是大功。
“这点朕也有安排！”
崇祯点了点头：“现在大明内部统一，水师主要对外，且还是海外，再叫水师就有些不妥了。
且大明海域从扶桑最北边的鞑靼海峡到最南边的十度海峡，海岸线数万里，需要水师统一调度、训练、巡防等等。
因此朕决定改大明水师为大明海军，统筹管理大明的所有水师、海防卫所、水师水寨、水师陆战军，
同时成立海军参谋司和海军装备司、训练管理司、后勤司，各司主官由他们提报，兵部审核。
设海军总督或海务大臣一名，统筹海军军务，设参政两人，一人协助总督处理军务，一人主管训练。
海军总督正二品、参政从二品、各司主官从二品。
第一阶段，海军接受军机处的战略指导和兵部监察，但在训练、作战中独立自主，只需要报备即可，避免外行指导内行。
第二阶段，待蒸汽机战船速度能达到日行一千或者陆路传信能达到日行千里以上，军机大臣中必须有一位懂海军作战的武将，同时海军接受军机处节制。”
“海军初设，朕依旧乾纲独断，
由郑芝龙担任海军总督加兵部尚书衔，提调海军一切军务；
登莱水师舰队总兵杨肇基任海军左参政兼登莱海军舰队总兵加兵部左侍郎衔
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