解帕竹政权的情况后，明朝就开始任命帕竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员，并且进一步在内邬宗和仁蚌宗这两个最大的宗设立了行都指挥使司。明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。
明朝除在藏族地区设置卫所外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。当时藏传佛教在西藏派系颇多，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及
势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。明朝治藏政策的核心被概括为“多封众建，因俗以治”。
这种民族政策说的好听，其实核心本质就是和稀泥，利用藏区的宗教矛盾挑拨群众斗群众，反正这些汉人士大夫最擅长的就是这个。不过明朝这种政策十分成功，在明朝不在藏区派驻军队的情况下，利用这种“多封众建，因俗以治”政策维持了明朝中央政府对藏区二百多年的统治。
不过明朝对西藏的统治随着这个五世达*赖上台后就终结了，当时藏传佛教噶举派和格鲁派争权，五世达*赖阿旺罗桑嘉措和四世班禅罗桑却吉坚赞为了保护格鲁派的利益，从青海将卫拉特蒙古的和硕特部首领固始汗图鲁拜琥请来，一举消灭了噶举派，奠定了格鲁派在西藏的统治地位，这个格鲁派就是后世的黄教密宗。
固始汗是青藏高原历史的转折性超级人物，这个家伙和成吉思汗差不多，也是个雄才大略的枭雄，原本分裂的西藏在固始汗的铁蹄下，第一次成为一个统一的整体。如果不是固始汗死的太早，根本没准噶尔部什么事，因为固始汗是亲满清的。
固始汗以他的远见卓识和敏税的政治眼光看出明朝已经大势已去，于满清崇德元年果断地派遣使团，与满清政权建立联系，受到皇太极的隆重接待。
顺治二年，固始汗派出他的第六个儿子多尔济达*赖巴图尔台吉到北京，表达了和硕特蒙古对顺治帝的归顺意愿，此后，固始汗和五世达*赖几乎每年谴使北京，贡使不绝。
满清顺治小皇帝也派专使进藏，敦请五世达*赖前往北京。在固始汗的努力下，达*赖与班禅的代表赴京，受到顺治帝的格外优待。满清班府送赐金册、金印，册文、印信均用满、汉、蒙、藏四种文字写成。由此，清中央政府正式确认了达*赖喇嘛的蒙藏地区的宗教领袖地位。这是中
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