川的大半，委任明朝降将王遵坦为四川巡抚。
当时南明四川巡抚马乾扼守内江 ，豪格命王遵坦对他进行招降，马乾回信说：“某为大臣，义无降理。古人有言，封疆之臣应死封疆，此正某毕命之时也。”神武元年二月，内江被清军占领，马乾不屈而死。同月内，豪格进至遵义（明代属四川），明督师大学士王应熊逃往赤水卫。明四川总兵贾登联、副将谭得胜降清，豪格以设宴犒军为名，把二将及所统官兵全部杀害。由于四川地区连年战乱，社会生产几乎完全停顿，无法解决粮饷供应，再加上南方传来消息，江西、福建新附军反叛，谭泰已经撤到武昌，放弃整个长江以南。豪格看到全国形势如此，再加上也实在没有精力打下去，只好就此止步，率领满、汉军经陕西回京，豪格不知道自己这次回到北京立刻被多尔衮下了大狱，几天以后被秘密*处死。
豪格离开后留下王遵坦、李国英等明朝降将驻守四川，兵力非常单薄。分守各地的将领因粮饷不继，加上南明将领的反攻，根本站不住脚，被迫向川北撤退。
在大西军和清军主力转移以后，四川、贵州大部分地区实际上处于分裂割据状态。南明自弘光朝廷以来虽然任命了阁部、总督、巡抚之类的高级官员，大抵仅拥虚名，实权分别掌握在盘踞各地的军阀手里，他们当中的许多人只知互相争权夺利，不能组成一支统一的队伍，利用清军势单力薄的机会收复全川。
这时南方各省重归明朝统治的消息传到四川大小军阀耳中，他们也分不清神武皇帝和永历皇帝有什么不同，但是终归是要找个老大的，大小军阀就在督师大学士王应熊串联下集体效忠永历皇帝，毕竟离着自己近吗。
四川众将领的效忠，再加上大西军孙可望的归附，永历皇帝一时间成为南中国最强大的势力，如果算上广东的神武政权，整个长江以南除了南直隶和浙江，再加上地处长江以南的武昌府，南明已经收复半个中国，很有点和满清划江而治的味道。
而中国北方也不太平，满清入关后大量圈占土地，强迫汉人投充。沦为农奴的汉人不但遭到残酷剥削，从事繁重劳动，而且没有人身自由，更引起大量逃亡。为了维护满洲贵族的利益，清廷进一步制定极其残酷的逃人法。逃人法的严厉执行，在满、汉统治阶级内部引起激烈争论。一部分汉族官吏反对严惩窝主的刑律，要求修改逃人法。清统治者为了维护满族王公亲贵的利益，态度顽固，坚持逃人法。
在满清圈地运动最为严重的北直隶和山西，大批的农民逃亡，这
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