两名太监被杀，乃班师回南阳。冬十一月下部议，废为庶人，幽禁在凤阳高墙。
崇祯十七年，崇祯在北京上吊死了，朱由崧在南京称帝，改年号弘光，实行大赦。在广昌伯刘良佐奏请下，囚于凤阳的朱聿键也被释，并封为南阳王。南京礼部请恢复唐王故爵，朱由崧不允，并令朱聿键迁至广西平乐府，但朱聿键贫病不能行（朱宏三语：看到没，哥怎么混的，奉国中尉直接提拔成楚王，你朱聿键混的不行啊）。
南明弘光元年五月，朱聿键赴平乐途中，在苏州闻清军已破南京，遂至嘉兴避难。六月辛酉，朱聿键至杭州，遇潞王朱常淓，奏请其监国，不听；请朝陈方略，不允。当时镇江总兵官郑鸿逵、户部郎中苏观生至杭州，与朱聿键谈及国难，泣下沾襟。后朱聿键被郑鸿逵护送，前往福建。途中在浙江衢州闻得潞王朱常淓已在杭州降清，于是南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂与礼部尚书黄道周等商议奉朱聿键为监国。
南明弘光元年六月二十八日，朱聿键在福建建宁称监国。闰六月初七至福州，以南安伯府为行宫。闰六月初八，朱聿键于福州称帝，宣布从七月初一起改弘光年号为隆武元年。改福建布政司称福京，改福州行在为天兴府，改布政司为行殿，建行在太庙、社稷及唐国宗庙。升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯，封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，蒋德璟为户部尚书、文渊阁大学士，朱继祚为礼部尚书、东阁大学士，曾樱为工部尚书、东阁大学士，黄鸣俊、李光春、苏观生等人为礼、兵各部左右侍郎兼东阁大学士。
其实朱聿键本人具备明君的一切特征，朱聿键长期生活在监狱里，基本上好日子没过过。他十分清楚大明王朝的症结在哪里。所以当皇帝以后发布了很多减轻农民负担，惩治贪官污吏的法令，还都取得了不错的效果，还有一事是当时南直隶满清推行剃头令，大量的难民为了活命被迫剃头，而当时满清统治不稳固，南直隶和浙江的一些府县易手多次。这些普通的农民算是倒了大霉，不剃头清军要杀，剃了头明军来了还要杀。朱聿键上台后颁布法令，说不剃头的是臣民，剃头的是难民，都是我大明的子民，这样才制止住对百姓的屠杀。
但是朱聿键可悲在他没有一只完全听命于自己的军队，当时福建所有军队都是郑家的，湖广江西的明军都听何腾蛟的，朱聿键很多命令到他们手上都变成一纸空文，这样还想中兴大明？实在可笑。
在七月份浙东被清军攻克，鲁王政权灭亡，鲁王朱以海
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