刘智临危受命，接管了这混乱绝望的临时医署，如同一块巨石投入死水，激起了波澜，却也瞬间将自己置于风口浪尖。质疑、观望、期待、绝望中抓住救命稻草的迫切……种种目光交织在他身上。但他无暇他顾，疫魔不会给人喘息之机，每一刻都有生命在流逝。
他首先做的，是强行压下王太医惯用的、显然已走入歧途的温热方剂，特别是参附之类。这引起了少数几个固守“伤寒”思路的老医者的抵触，但李柏等本地郎中，以及更多目睹了刘智急救手段和听闻其条理清晰指令的医徒、杂役，迅速站到了他这边。在生死存亡的恐怖压力下，一个看似更有希望的新方向，其吸引力是压倒性的。王太医本人已然心力交瘁，默许了刘智的主导地位，只是要求随时知晓任何用药变动。
紧接着，是一场争分夺秒的、近乎粗暴的“大扫除”和“大分流”。在刘智的指挥和刘济仁、晓月、李柏等人的协助下，所有能动的人都被动员起来。
“把能走动的、症状轻的，全部移到东边那片空棚子！相互间隔至少三步！”
“吐血的、昏迷的、紫斑大片的，集中到最里面那两间土房！门口挂上红布条！除了送药和施针的，任何人不得随意进出！”
“只是发热、头痛，没有出血和斑块的，分到西边！挂黄布条！”
“死了的……立刻抬走！按刘大夫说的，远处深埋，厚撒石灰！抬尸的人，回来必须用药水从头到脚冲洗，衣物要么烧掉，要么用大锅沸水煮足一个时辰！”
“所有水源重新检查！脏水坑立刻填埋！厕所远离居住区和取水点！挖深坑，用石灰覆盖！”
“烧开水！所有人，包括病患，只要还能喝，必须喝烧开晾温的水！不许再喝生水！”
“艾草、苍术、雄黄……所有能找到的辟秽药材，分成小份，在病患区和医者居住区日夜熏烧！”
一条条命令，从刘智口中清晰吐出，被迅速传达执行。混乱开始被强行梳理出秩序。哭喊声、**声依旧，但不再是无序的喧嚣。划分区域后，不同病情的患者被分开安置，避免了重症对轻症、轻症对未感染者的交叉传染，也便于集中有限的人力物力进行针对性救治。焚烧艾草等物的烟雾弥漫开来，虽然呛人，却多少驱散了些许空气中的秽恶之气。开水的供应，至少保证了饮水的基本清洁。
与此同时，刘济仁和李柏带领人手，火速清点药材。情况不容乐观。府城调拨和王太医带来的药材，多以治疗伤寒、温补类药物为主，清热
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