占领博多津，夺取太宰府，唐军在九州的攻势如秋风扫落叶。倭国在九州的统治力量本就相对薄弱，且多为地方豪族私兵，在唐军强大的野战能力和恐怖的火器面前，几乎未能组织起有效的抵抗。少数据守山城、负隅顽抗的豪族，也在唐军步兵的强攻和火炮的轰击下迅速覆灭。至麟德八年六月中旬，除南部部分偏远山区尚有零星抵抗外，九州全境已基本落入唐军控制。
李瑾坐镇太宰府，迅速推行怀柔与威慑并用的策略。他下令严明军纪，禁止无故屠戮平民、焚烧神社佛寺（除非武装抵抗），并利用投降的当地贵族、僧侣维持秩序。同时，宣布废黜倭国朝廷在九州的统治，设“筑紫安抚使”，以新罗王子金仁问为安抚使，暂管九州民政，并征发粮草、民夫，为下一步进攻本州做准备。金仁问通晓倭语，熟悉当地情势，且新罗与倭国有世仇，用他既能有效管理，又能牵制本地势力。
然而，对唐军真正的考验即将到来。倭国朝廷在经历了初期的震惊和慌乱后，终于从唐军登陆的打击中缓过神来，开始疯狂地集结全国力量。九州失陷的消息，如同一记重锤，敲醒了沉迷于“神国”迷梦的奈良朝廷（此时倭国都城在藤原京，但习惯仍称奈良京或平城京，为便于叙述，后文称奈良京）。天武天皇（此时在位的是天武天皇，年号朱鸟，但为方便，仍用“天皇”称之，实际当时倭国君主对内自称“天皇”，对外称“国王”）和掌握实权的藤原不比等（藤原镰足之子，此时为右大臣，权倾朝野）深知，九州陷落，本州门户洞开，若再不集结主力决战，一旦唐军跨过狭窄的关门海峡，倭国将面临灭顶之灾。
整个六月下旬到七月，倭国朝廷以“防人”、“军团”制度为基础，向畿内（奈良、京都地区）及东国（关东）诸国发出最紧急的动员令，征发所有十五岁以上、六十岁以下的男子。各大贵族、寺社也纷纷派出自己的私兵、僧兵。无数粮草、兵器从各地向奈良、难波（大阪）等地汇集。尽管装备杂乱、训练不足，但在生死存亡的威胁下，倭国还是以惊人的速度，拼凑起了一支人数庞大的军队。根据战后估算，其总兵力可能超过十万，核心是约两三万装备相对较好、有一定战斗经验的畿内军团和贵族武士，其余多为临时征召的农民、渔民。
倭军的战略意图也很明确：放弃在九州与唐军纠缠，收缩兵力，依托本州西部（中国地区）的山川险阻迟滞唐军，同时将主力集结于畿内平原，尤其是奈良京周边，利用主场之利，寻求与渡海而来、补给线漫长的唐军进行决战，一举击溃或
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