1938年12月，巢县特支改为巢县县委，鲍有荪任书记，纪正任组织部长，时生任宣传部长，委员有茅堃（不久因病回原籍寿县）、许文虹。巢县县委是抗日战争时期在皖东恢复建立的第一个县委组织。1939年4月，皖东工委东迁全椒、滁县，鲍有荪随工委行动，纪正接任巢县县委书记。这时县委成员也有所调整，增补吴屏周、沙流辉、张克东为委员。巢县县委成立后，在开展抗日宣传，动员和组织民众抗日，组织工人、农民、青年、妇女、商业、文化等抗敌协会，举办抗日军政干部培训班等方面做了大量工作，并且，根据中共中央1938年3月15日作出的《关于大量发展党员的决议》精神，着重在巢北地区农村、集镇，积极、大量地吸收党员，建立党组织，使巢县党的组织和党员队伍获得前所未有的的大发展。1939年1月，县委首先建立了巢一区委，范围包括夏阁、西峰、含山县钜兴集等地。纪正兼区委书记，曹础负责组织工作。不久，又建立了巢二区委，以柘皋镇为中心向四周农村发展，包括峏山、板桥、大小储、周家岗等地。鲍有荪兼区委书记，委员有沙流辉、张克林。上述两区委于同年4月因区域调整而撤销。
1939年夏，县委指派吴谷山（后叛变）到夏阁建立了夏阁区委，吴谷山任书记，冯宏德为组织委员，胡家友为宣传委员。区委下辖竹柯、大罗、山洼张、夏阁等4个党支部。1939年8月，从中共苏皖省委党员培训班学习结业的中**员周衣冰奉命回巢县，在黄山山区建立了一个黄山中心区委，周衣冰任书记。根据苏皖省委指示，中心区委主要任务是在山区筹建抗日武装。1939年秋，中共黄山区委成立，吴屏周兼任书记，杨生贵为副书记，丁邦富、储金华、潘维清为委员，区委领导长山洼、元通、小吴、桃子山、大汤等5个支部。与黄山区委同时成立的还有柴埠荚中心支部，荚厚华任书记。1940年5月，柘皋镇周围农村党组织发展较快，县委决定撤销柴埠荚中心支部，成立柘皋区委，荚厚华任书记，荚存善（即李本初）为组织委员。区委领导柴埠荚、蒋家渡、主家山洼、邓家洼、白屋赵、小唐、大鲁、周家岗、大储、小储、小吴等11个支部。
1940年1月，新四军江北游击纵队第十大队二连政治指导员李振农增补为巢县县委委员。5月，中共舒城县委书记贾世珍率舒城县委部分武装辗转至巢北。6月，吴屏周调离巢北，贾世珍接任县委组织部长，曹树华为委员。9月，纪正率巢县独立营北上定远，沙流辉、李振农随独立营行动。此时
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